一、办公室主要职责（党办监察室、应急办公室）
　　协助局领导处理日常工作，综合协调机关政务工作，负责会议组织，综合性材料起草和机关文秘档案，督查、保密、信息、信访、综合治理、综合调研工作；负责机关规章制度建立实施；负责联系对外交流合作、对口支援、新闻宣传等工作；负责局机关和直属卫生单位党务工作、纪检监察工作；统筹规划与协调全市卫生资源配置，拟定财务管理规章，协调各项卫生经费的使用；负责卫生单位的财务审计和指导卫生单位财务工作，管理机关财务；负责机关车辆管理、公务往来的接待等工作。
　　组织开展全市突发公共卫生事件的医疗救护与防病工作；负责建立相关人员、物资、技术等保障机制，统一调配；协调与市政府有关部门及其他单位的关系，保证在上级卫生行政部门和我市突发公共卫生事件应急领导小组统一指挥下高效、有序地进行卫生救护与防病工作；向上级卫生行政部门和我市突发公共卫生事件应急领导小组及时汇报有关信息，与市政府有关部门交流信息；协同市政府其他部门做好突发公共卫生事件医疗救护与防病的其他相关工作；起草突发公共卫生事件医疗救护与防病的预案和实施方案及有关工作计划；组织收集与分析相关信息，提出对突发公共卫生事件进行现场处理建议；督促建立全市突发公共卫生事件医疗救护与防病的信息交流网络，保证信息畅通；组织人员培训、物资储备、后勤保障、社会动员等相关工作；负责与新闻单位沟通，使各新闻媒体能够主动配合医疗救护和防病工作。

二、人事科主要职责
　　研究制订全市卫生人才发展规划，并组织实施；负责全市卫生人员的宏观管理和卫生专业技术资格评聘工作；负责局机关及直属单位人事、劳动工资、机构编制工作；负责离退休干部管理工作。

三、医政科主要职责
　　研究指导医疗机构改革，拟定医疗机构的发展规划、管理办法和服务标准；拟定医护等专业技术人员职业标准、医疗质量标准、服务规范，并监督实施；监督医疗机构质量和服务质量；依法监督管理血站、血库采供血及临床用血质量；组织重大人员伤亡事件的紧急救护工作；负责全市中蒙医工作；研究拟定全市重点医学科技发展规划，确定卫生科技优先发展领域；制订基础研究、应用研究的政策和措施；组织协调重点医学领导科研攻关，指导医学科技成果的推广、普及、应用工作；拟定医学教育发展规划和指导实施，指导全市医学专业教育工作；组织协调与市外的医学领域的交流与合作，指导全市医学卫生团体工作。

四、中蒙医科主要职责
　　职研究拟定全市中蒙医、中蒙西医结合事业发展规划、服务标准以及中蒙医务人员执业标准、服务规范；研究制订中蒙医科研开发规划并组织实施；监督中蒙医、中蒙西医结合医疗科研机构的服务质量；指导全市中蒙医人才培养、继续教育、机构改革与管理等工作。

五、执法监督科主要职责
　　负责受理卫生行政复议申请，作出行政复议决定，依法组织听证；依法监督管理食品、化装品、消毒产品、生活饮用水和涉及饮用水卫生安全的产品；依法监督管理公共场所、职业、放射、学校卫生等工作；依法监督传染病防治工作；承担法律法规规定的其它责任。

六、疾病控制科主要职责
　　研究拟定传染病、地方病、慢性非传染性疾病及公共卫生相关疾病的防治规划和措施；组织对重大传染病、地方病的综合防治，组织调度全市卫生技术力量，对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、疾病的发生和蔓延。

七、基层卫生与妇幼保健科主要职责(合作医疗管理办公室)
　　研究拟定农村牧区卫生服务和社区卫生服务的发展规划和服务标准，指导和落实基本卫生保健规划，研究基层卫生服务体制的改革和建设项目，制订并指导实施妇幼卫生和提高出生人口素质工作的发展规划、政策措施和技术标准，监督母婴保健专项技术的实施，统筹协调健康教育工作。
　　认真贯彻落实新型农村合作医疗的有关政策，负责全市新型农村合作医疗的组织协调工作;制定相关配套管理措施;协助有关部门筹集、管理新型农村合作医疗基金;制定年度新型农村合作医疗工作方案；负责对旗县区新型农村合作医疗管理人员进行培训和考核，对违反新型农村合作医疗规定的行为进行查处；建立健全新型农村合作医疗信息系统，及时收集、整理、分析、评价、上报新型农村合作医疗信息，做好新型农村合作医疗文书档案管理工作；负责新型农村合作医疗定点医疗机构的资格审查、确认，加强对定点医疗机构医疗服务质量和费用水平的审查和监管。

八、爱卫会办公室主要职责
1.贯彻执行中央、自治区、市各级政府关于开展爱国卫生运动、建设国家卫生城市的法律，法规、规章和方针政策，结合我市实际，组织拟定有关规章和实施办法，并组织协调实施。
2.负责组织拟定开展爱国卫生运动、建设国家卫生城市的发展规划、年度计划和责任管理目标，并组织协调实施。
3.组织协调爱卫会各成员单位，政府有关部门及驻赤各单位，有计划的开展经常性和突击性相结合的爱国卫生活动，实施环境综合整治，提高城市环境卫生质量。
4.组织协调开展爱国卫生和建设国家卫生城市宣传发动工作，负责组织指导开展创建卫生模范单位，卫生先进单位、卫生达标单位的爱国卫生竞赛活动，并负责检查考核验收，总结表彰先进。
5.组织指导全市的除“四害”工作，有计划的开展除“四害”的科研工作，密切监测“四害”消长情况，巩固除“四害”成果，实现灭鼠、灭蝇、灭蟑、灭蚊达标。
6.参与协调有关部门制定重大灾情、疫情、中毒事故等突发事件的防范措施和应急对策。
7.指导开展全市的健康教育，普及卫生科学知识，引导广大群众增强卫生意识。
8.负责指导旗县区爱国卫生工作和创建卫生城镇卫生工作，预防各类传染病的暴发流行。指导创建卫生村、卫生乡镇和农村改水改厕改善环境工作。
9.承办市政府交办的其它事项。